ClearLinks - программа для обработки баз ключевиков, имеется много разных полезных функций, о которых можете прочитать на сайте http://egisshop.com/clearlinks/, главная из которых удаляет слова с чередующимися латинскими и русскими буквами, т.е. имеющаяся подстава в кеях, паршенных с Яндекс директа устраняется данной программой. Удаляет качественно, хороших слов почти не удаляет, что удалено - сохраняется в лог файл.
Стоит программа всего 10$ , но программа полезная и стоит этих денег.

Тестил только функцию чистки базы от этих меченных яндексом слов, с базой примерно 1лям ключевиков справилась за считанные секунды...